이러한 특정보조금은 보조금을 수령하는 기관이 보조금을 지급하는 국가가 요구하는 특정의 활동을 이행하는 것을 조건으로 지급하는 기능적 보조금(Functional Grants)임

우리나라의 경우 정률보조금의 보조율은 ‘보조금 관리에 관한 법률’에 근거하여 정해져 있기도 하나, 객관적인 근거나 기준이 설정되어 있기 보다는 국가의 예산 사정 등을 감안하여 결정하는 경우가 많음

정액보조의 방법은 보조대상이 되는 사무·사업의 양을 표시하는 일정한 수량에 일정한 단가를 곱한 금액을 교부하는 방법과 개별 사무나 사업마다 일정액을 교부하는 방법으로 구분할 수 있음

이 경우 보조금을 교부하는 국가는 지방자치단체가 자기부담을 하는 한 어떤 공급 수준이라도 보조금의 상한을 제한하지 않고 그 비용을 부담하게 됨

재원사용의 효율화와 부당한 보조를 제한하기 위한 방안으로 사용 가능함

즉, 국가와 지방자치단체 간에 이해관계가 있는 사무에 대해 전국적으로 일정한 수준을 유지한 이후 지방자치단체의 재정적인 부담을 경감하기 위해 지출하거나, 국민경제에 적합하게 종합적으로 수립한 계획에 따라 실시하도록 법령에 정한 사업의 지출경비로서 국가가 전부 또는 일부를 부담하는 광의의 국고보조금임

따라서 관련 소요경비는 당연히 국가가 그 전부를 부담하여야 하며, 지방자치단체는 그 경비를 부담할 의무가 없음

차등보조의 방법에는 기준보조율에 일정률(10%, 15%, 20% 등)을 가감한 인상보조율과 인하보조율을 적용하는 2가지 방법으로 구분됨

따라서 특정보조금은 특정사업에 필요한 경비를 원조하기 위하여 그 사용처를 한정하여 지출하는 보조금으로써 이미 국가로부터 교부되는 시점에 그 용도가 지정되어 있음

일정한 범위 또는 지역의 사업이나 일정한 효과가 있는 사업의 촉진을 도모하기 위하여 그러한 취지에 맞는 사업에 소요되는 경비의 재원에 충당할 포괄적인 조건으로 교부하는 보조금임

보조금의 교부에 있어서 그 총액과 도비의 범위만을 지정해 주고 보조금을 충당할 경비의 세목, 수량, 단가 등을 지방자치단체가 선택하도록 함으로써 조세보다 효율적인 집행 및 지방재정의 자주성 강화됨

공동양식어장사업비, 일반경지정리사업비 등과 같이 실수요자가 주민인 국고보조사업은 지방자치단체가 직접 보조금을 집행하지 않고 이를 주민(마을)에게 재교부하여 집행함

보조금 신청제도가 갖는 의의는 지방자치단체의 계획과 의사가 보조사업에 반영되고, 보조사업이 원래 계획대로 진행되도록 유도하며, 각 지방자치단체가 스스로 사업의 필요성, 지방비 부담능력 등을 감안하여 신청함으로써 재정 건정성 도모함